Este agrupamento vocal é constituído por um conjunto de cantores solistas que fazem da prática da música antiga uma das linhas de trabalho mais relevantes da sua carreira profissional, quer em Portugal, quer no estrangeiro. Os objetivos centrais do trabalho deste agrupamento são a exploração e a difusão dos reportórios sacros e profanos de música vocal que podemos encontrar em Portugal desde o século dezasseis até inícios do século dezanove, abarcando peças de compositores portugueses e estrangeiros que desenvolveram a sua atividade profissional no nosso país, neste período. Nos diferentes programas que o agrupamento prepara são integradas as peças que resultam do trabalho de estudo e transcrição realizado pelo diretor musical. Fundada em 2005 por João Paulo Janeiro, a Capela Joanina emerge do grupo de música antiga Flores de Música, o qual, a partir de Novembro do mesmo ano passou a ser constituído exclusivamente por instrumentistas.
A sua primeira apresentação formal ocorreu aquando da comemoração da passagem dos duzentos e cinquenta anos sobre a data do terramoto de 1755, no Centro Cultural de Belém, onde executou a peça Matuttino de morti de David Perez. Posteriormente tem-se apresentado no CCB, por ocasião da ‘Festa da Música’ e ‘Dias da Música de Belém’, em parceria com o agrupamento Flores de Música, onde apresentou vários programas de música religiosa, designadamente o Te Deum de Francisco António de Almeida para solistas, coro e orquestra; um programa com obras de Carlos Seixas, e um outro dedicado à música nos conventos portugueses do período Barroco.
Realizou também um ciclo de concertos para a Artemrede, Percursos do Sagrado e do Profano na Música Vocal dos Séculos XVI, XVII e XVIII, tendo-se apresentado nos Festivais de Música de Alcobaça e de Sintra, e também no Convento dos Capuchos, em Almada, e no Montijo. Apresentou-se na Temporada de São Roque, onde apresentou música portuguesa religiosa dos séculos XVII e XVIII.